Listamos algumas coisas que podem responder a essa pergunta:
1.Permissões de acesso -> Tenha certeza que o usuário System ou Sistema tenha acesso total aos arquivos e diretórios, por padrão ele tem, mas se você utiliza permissões personalizadas e retirou esse usuario na parte de segurança, precisa adiciona-lo novamente. Para saber qual ou quais arquivos não estão sendo copiados por este motivo, consulte o log e veja se acha a frase “Unable to backup 3 files (next attempt within 15 minutos)”
2.Programação de horário -> Por padrão Upbackup roda sempre que o computador estiver ligado e conectado a internet, mas se você o programou para funcionar entre determinados horários, veja se o período selecionado está sendo suficiente para a conclusão do backup.